Tədqiqat Mərkəzlərinin işinin əlaqələndirilməsi və təşkili şöbəsi əvvəlcə Azərbaycan Dövlət İqtisad Universitetinin (UNEC) struktur bölməsi kimi Elmi fəaliyyətin təşkili və idarə edilməsi Departamentinin (EFTİED) tərkibində fəaliyyət göstərib. Şöbə EFTİED direktorunun təqdimatı və UNEC Rektorunun 828/3/2018 №-li əmri ilə yaradılıb.
UNEC-in tədqiqat universitetinə çevrilməsində tədqiqat mərkəzləri və laboratoriyaların rolunu nəzərə alaraq, aparılan tədqiqat işlərinin səmərəliliyinin artırılması məqsədilə Elmi fəaliyyətin təşkili və idarə edilməsi departamentinin Tədqiqat mərkəzlərinin işinin əlaqələndirilməsi və təşkili şöbəsi 15.09.2020-ci il tarixdən həmin departamentin tərkibindən çıxarılaraq müstəqil struktur bölmə kimi müəyyən edilmişdir.
UNEC-də fəaliyyət göstərən tədqiqat mərkəzləri və laboratoriyalarının işinə nəzarət Tədqiqat mərkəzlərinin işinin əlaqələndirilməsi və təşkili şöbəsi tərəfindən həyata keçirilir